當農藥在農業中廣泛使用的時候，紐崔萊一直嚴禁使用化學農藥和除草劑。紐崔萊從自然形成的化合物中提取殺菌劑和殺蟲劑，同時通過害蟲綜合治理系統來防治蟲害。殺蟲劑等產品僅在必要時使用，有機農場批準使用的殺蟲劑已被證明是低毒性、符合環保要求的。

在紐崔萊，用以保護植物原料不被害蟲侵害的是瓢蟲和蜉蝣的幼蟲。而對于田鼠等害獸，白天就利用老鷹，晚上則讓貓頭鷹做為守護神。

紐崔萊在農場的多個地方設置了被稱為“害蟲避難所”的隔離帶，這里雜草叢生，是害蟲一個避開天敵的絕好藏身之處，在保護大自然的生態平衡方面起了很大的作用。如果只顧利用大量益蟲捕食害蟲等手段完全驅除害蟲，結果益蟲也就最終失去了食物，這樣他們也不能夠在田地里生存了。當蟲害再次發生的時候，就沒有益蟲來幫忙了。

除此以外，在紫花苜蓿田里夾種可以釋放出害蟲討厭氣味的金盞花、在田里噴灑蒜精（濃縮物），這些方法既符合大自然生態平衡的要求，也不需要依賴農藥，卻可以使害蟲不敢靠近。

紐崔萊的農田并不是用自來水灌溉的，而是利用地下水或清澈的江河湖水。紐崔萊用以灌溉的天然水源均含有多種養分，可以促進作物健康、茁壯地生長。

紐崔萊采用新型的人造衛星系統，檢測這些水體的水質。紐崔萊從農場的數十處取水點抽取地下水，用以分析包括營養成分在內的水質情況，然后把這些分析數據通過人造衛星進行集中管理，以確保植物的灌溉安全、準確。